Как вариант генерим строку запросов
SELECT GROUP_CONCAT('DROP TABLE ', table_name, ';' SEPARATOR '') AS statement
FROM infor...
Как вариант генерим строку запросов
SELECT GROUP_CONCAT('DROP TABLE ', table_name, ';' SEPARATOR '') AS statement
FROM information_schema.tables
WHERE table_name LIKE 'prefix\_%';
В результате получим строку из кучи запросов на дроп таблиц с заданным префиксом. Результат проверяем (на соответствие таблиц целевым) и полученный запрос применяем к базе.
В случае, если целевых таблиц очень много — нужно помнить про вот этот
нюанс (group_concat_max_len).